Đối với việc xử lý thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế, Tổng cục Hải quan cho biết, thực hiện theo khoản 1 Điều 77 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (có hiệu lực từ ngày 1/7/2020) như sau: Cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Tại khoản 4 Điều 21 Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục Hải quan hướng dẫn các đơn vị về thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế quy định: Kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 1 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ; Kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 3 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại tiểu mục H2 mục H phần III Bộ chỉ số tiêu chí quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan ban hành kèm theo Quyết định số 623/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2020 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan; Kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ không thuộc trường hợp nêu tại điểm a, điểm b khoản này.
Đối chiếu với quy định trên, trong thời gian Hệ thống MGH chưa được nâng cấp, các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có trách nhiệm hướng dẫn công chức thực hiện đối với trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước cần kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 3 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế như sau:
- Tại màn hình xử lý của công chức trên Hệ thống MGH: Lựa chọn tiêu chí “Kiểm tra hoàn thuế trong thời hạn 5 năm” tại chỉ tiêu Đề xuất thời hạn kiểm tra và nhập nội dung “Hồ sơ được phân loại kiểm tra trong thời hạn 3 năm” tại chỉ tiêu Ý kiến.
- Lập bảng theo dõi riêng đối với các trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước cần kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 3 năm kể từ ngày ban hành Quyết định hoàn thuế trên để thực hiện kiểm tra theo quy định.
Đối với việc cập nhật kết quả kiểm tra sau hoàn thuế, Tổng cục Hải quan nêu rõ, trường hợp các đơn vị hải quan lập và ban hành Quyết định kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước trên Hệ thống, việc cập nhật kết luận kiểm tra sau hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục đính kèm theo Công văn này.
Việc cập nhật kết quả kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp không lập và ban hành Quyết định kiểm tra sau hoàn thuế trên Hệ thống, Tổng cục Hải quan ghi nhận để nghiên cứu nâng cấp bổ sung nếu phù hợp.
