Để thực hiện các mục tiêu nói trên, Chính phủ đề ra các nhiệm vụ gồm: rà soát, xây dựng, hoàn thiện quy định pháp luật về bảo vệ môi trường lĩnh vực thủy sản; Chủ động phòng ngừa, quản lý, kiểm soát nguồn ô nhiễm, chất thải từ các hoạt động thủy sản; quan trắc môi trường phục vụ quản lý ngành Thủy sản (quan trắc đất, nước, trầm tích); Kiểm kê, đánh giá nguồn vốn tự nhiên thủy sản phục vụ phát bền vững ngành Thủy sản. Bên cạnh đó, một nhiệm vụ quan trọng khác được đề ra là thúc đẩy các mô hình kinh tế tuần hoàn, kinh tế xanh trong hoạt động thủy sản.
Cụ thể: Áp dụng khoa học công nghệ, tiến bộ kỹ thuật đảm bảo sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên thiên nhiên thủy sản, giảm thiểu ô nhiễm môi trường trong các hoạt động thủy sản; Chuyển đổi mô hình thủy sản theo hướng kinh tế tuần hoàn, kinh tế xanh; phát triển sản xuất thủy sản hữu cơ, công nghệ cao, thân thiện với môi trường, thực hiện Chương trình hành động quốc gia về sản xuất và tiêu dùng bền vững giai đoạn 2021 - 2030 được ban hành kèm theo Quyết định số 889/QĐ-TTg ngày 24/06/2020 của Thủ tướng Chính phủ; Nghiên cứu, xây dựng và từng bước áp dụng mô hình doanh nghiệp/cơ sở/cụm làng nghề/tổ hợp tác nuôi trồng thủy sản, chế biến, khai thác, kinh doanh thủy sản theo hướng sản xuất xanh, sử dụng nguyên liệu thân thiện với môi trường; Áp dụng các mô hình sản xuất thích ứng với biến đổi khí hậu dựa trên hệ sinh thái…
Các dự án, nhiệm vụ ưu tiên gồm: Truyền thông, nâng cao nhận thức, tư duy về bảo vệ môi trường trong hoạt động thủy sản; Điều tra, đánh giá thực trạng và đề xuất, xây dựng các chính sách, cơ chế ưu đãi, hỗ trợ cho các hoạt động thủy sản thân thiện với môi trường thúc đẩy kinh tế tuần hoàn, kinh tế xanh
Trong tổ chức thực hiện Đề án bảo vệ môi trường trong hoạt động thủy sản giai đoạn 2021-2030, Chính phủ giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức các hoạt động nhằm nâng cao nhận thức, tư duy về bảo vệ môi trường trong sản xuất thủy sản; tăng cường thực thi chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường trong các hoạt động thủy sản; Nghiên cứu cơ chế, chính sách khuyến khích khai thác, sử dụng, đầu tư, duy trì phát triển nguồn vốn tự nhiên thủy sản; huy động, xã hội hóa nguồn lực trong bảo vệ môi trường thủy sản.
Bên cạnh đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành rà soát, bổ sung các chính sách mang tính đặc thù của môi trường thủy sản để thúc đẩy các mô hình kinh tế tuần hoàn, kinh tế xanh trong hoạt động thủy sản…