Tuy nhiên, do ảnh hường nghiêm trọng của dịch bệnh COVID-19 đến tình hình kinh tế xã hội, ngày 13/11/2021, Quốc hội đã thông qua Nghị quyết số 34/2021/QH15 về dự toán ngân sách nhà nước năm 2022, trong đó tại khoản 1 Điều 3 quy định: “Lùi thời điểm thực hiện cải cách chính sách tiền lương quy định tại khoản 3 Điều 4 Nghị quyết số 23/2021/QH15 của Quốc hội; ưu tiên điều chỉnh lương hưu cho người nghỉ hưu trước năm 1995 ”. Theo đó, khi phê duyệt phương án tự chủ tài chính theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP, các ĐVSNCL sẽ chưa thực hiện ngay việc chi trả thu nhập cho người lao động theo cơ chế tiền lương mới quy định tại Nghị quyết số 27-NQ/TW và Nghị định số 60/2021/NĐ-CP.
Bên cạnh đó, năm 2020-2021, dịch bệnh COVID-19 đã ảnh hưởng rất lớn đến nguồn thu của các đơn vị tại ĐVSNCL, đặc biệt là đối với các đơn vị trong lĩnh vực y tế và lĩnh vực đào tạo, giáo dục nghề nghiệp, do đó việc đánh giá tình hình thực Nghị quyết số 19-NQ/TW nhằm mục tiêu đề xuất phương án tự chủ cho giai đoạn tiếp theo sẽ không đảm bảo được tính đầy đủ, khách quan. Từ đó, ảnh hưởng đến việc xác định mức độ tự chủ của các đơn vị trong thời kỳ ổn định tiếp theo.
Vì vậy, để có cơ sở pháp lý ban hành Thông tư hướng dẫn cơ chế tự chủ tài chính của ĐVSNCL phù hợp với bối cảnh tình hình thực tế, Bộ Tài chính đã có 02 văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ/Chính phủ đề nghị Chính phủ ban hành Nghị quyết cho phép các ĐVSNCL tiếp tục được thực hiện cơ chế chi trả thu nhập tăng thêm như trong năm 2021 đến khi chính sách cải cách tiền lương theo Nghị quyết số 27-NQ/TW có hiệu lực thi hành. Đối với các nội dung quy định khác về cơ chế tự chủ tài chính của ĐVSNCL vẫn thực hiện theo các quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP.
Tuy nhiên, ngày 09/3/2022, Văn phòng Chính phủ đã có văn bản thông báo ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Minh Khái về đề xuất của Bộ Tài chính. Trong đó, Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phố hợp với Bộ Tư pháp và các Bộ, cơ quan liên quan rà soát các quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP; trường hợp có nội dung cần sửa đổi, bổ sung, các Bộ thống nhất phương án, đảm bảo đúng quy định, đủ cơ sở pháp lý, cơ sở thực tiễn, báo cáo Chính phủ xem xét, quyết định sửa đổi, bổ sung Nghị định số 60/2021/NĐ-CP theo đúng trình tự, thủ tục ban hành văn bản quy phạm pháp luật.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Lê Minh Khái, Bộ Tài chính đã có văn bản đề nghị các bộ, cơ quan trung ương và các địa phương đánh giá tình hình thực tế triển khai các quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP, trên cơ sở đó đề xuất các nội dung cần sửa đổi, bổ sung.
Trên cơ sở tổng hợp ý kiến của các bộ, địa phương, Bộ Tài chính tiếp tục có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ về một số khó khăn trong quá trình triển khai thực hiện Nghị định số 60/2021/NĐ- CP và đề xuất Thủ tướng Chính phủ cho phép các ĐVSNCL được tiếp tục thực hiện phương án tự chủ đã được duyệt đến hết năm 2022. Đối với những ĐVSNCL chưa được phê duyệt phương án tự chủ tài chính thì thực hiện phê duyệt phương án tự chủ tài chính của năm 2022.
Như vậy, Bộ Tài chính đã chủ động có các văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ/Chính phủ xin ý kiến tháo gỡ về cơ chế tự chủ tài chính của các ĐVSNCL. Hiện nay, trong khi đợi ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ vê nội dung đề xuất nêu trên, tiếp thu các ý kiến góp ý của địa phương, Bộ Tài chính đang tích cực hoàn thiện nội dung dự thảo Thông tư hướng dẫn cơ chế tự chủ tài chính của ĐVSNCL để sớm ban hành.